Die Pflanzenauswahl im Naturgarten bzw. im naturnahen Garten ist neben der Bildung von verschiedenen Lebensräumen eine wesentliche Komponente zur Bildung der Artenvielfalt. Heutzutage sind rund 2500 einheimische Pflanzen (inkl. Sträuchern und Bäumen) im Handel erhältlich.
Die Auswahl der Pflanzen sollten sich zum einen an die persönlichen Ansprüche, zum anderen an die Region und die in der Region vorkommende Tierwelt anpassen. Ein sehr wesentlicher Aspekt ist natürlich der Standort. Die Robustheit von einheimischen Pflanzen gegenüber Krankheiten ist nur gegeben, wenn sie standortgerecht gepflanzt werden.
Die Verwendung und Akzeptanz von Neophythen ist eine sehr persönliche Entscheidung des Einzelnen. Man sollte aber bedenken, dass sich unsere heimische Fauna über jahrhunderte von Jahren an ganz spezielle Pflanzen angepasst hat und nur die wenigen Generalisten unter ihnen einen tatsächlichen Nutzen aus Neophythen oder Sorten ziehen können.
Auf invasive Neophythen (u.a. kanadische Goldrute, Sommerflieder und Kirschlorbeer) sollte generell verzichtet werden, da sich diese Pflanzen invasiv ausbreiten und dadurch den essentiellen einheimischen Pflanzen den Standort nehmen, wodurch diese verdrängt werden.